對于包裝設備來說，主要殺菌方法有加熱法和化學法。
對敞開式無菌包裝機而言，在無菌充填之前，包裝機內與產品接觸的表面必須經過殺菌。其殺菌是通過包裝機自身產生的無菌熱空氣（或無菌熱蒸汽）來實現的。
在殺菌過程中，無菌熱空氣直接接觸包裝機與產品接觸的表面進行殺菌。封閉式無菌包裝機的殺菌只通過無菌熱空氣是不夠的，還要保證封閉空間的無菌，即無菌室的殺菌。生產前，無菌室一般用雙氧水噴霧和無菌空氣的干燥來實現，無菌空氣是通過包裝機內的無菌空氣加熱器將其加熱至一定溫度所得到的；殺菌時，液態i氧水噴射至無菌熱空氣中并瞬時蒸發，這樣無菌空氣和雙氧水氣體的混合物進入無菌室進行殺菌，冷凝在內表面的雙氧水通過無菌熱空氣進行干燥，從而完成無菌室的殺菌。
