目前的包裝設備和包裝材料存在的問題在于材質落后，技術含量不高。對于包裝材料而言，主要還是質量穩定性的問題，不同批次的包材差異大，從而對設備的運行產生影響。
總結來說，國產包裝材料與包裝設備主要存在以下幾方面的問題： （1）國產包裝設備聯動性較差，如內包裝和外包裝聯動，外包裝中的防潮包裝和封口、貼簽、打印等;
（2）設備運行穩定性差，若某一小部件發生故障，則整個生產線都得停止運行;
（3）包裝材料方面，包裝材料的設計使用沒有和藥品質量相結合，主要考慮的還是外觀設計，實際上包裝對產品質量影響相當大;
（4）由于成本原因，部分包裝材質達不到設備要求，如包裝品的規格誤差，紙質包裝的材質硬度、脆度等達不到規定要求，塑料包裝的成分影響等。
概括而言，國內規模較大的包裝企業雖然在設備上與國外差距不大，但在軟件環境上卻不盡如人意。國內藥廠的大部分包裝工作，特別是較復雜一些的包裝物品的排列、裝配等工作基本上是人工操作，眾多的操作人員無法保證包裝的統一和穩定。有些企業即使使用某些包裝機械，也只是應用在整個包裝鏈的某個環節上。
