果汁無菌包裝工藝過程大致上可分為前期工作、滅菌處理和包裝三部分。
1 果汁無菌包裝前期工作
果汁無菌包裝的前期工作包括選擇復合材料，設計磚形紙盒和盒坯結構圖，并進行裝潢設計，然后交付包裝材料專業工廠按照裝潢設計的圖案、文字、色彩進行印刷，按照結構設計進行壓痕裁切，最后以卷筒紙料運入包裝廠。
1)選擇材料
果汁無菌包裝采用的包裝容器有杯、盒、袋、桶等，這里主要介紹磚型盒類包裝容器。
果汁無菌包裝材料主要采用復合薄膜，復合薄膜由六層材料組成，即聚乙烯 / 紙 / 聚乙烯 / 鋁箔 / 聚乙烯 / 聚乙烯復合材料。用復合薄膜制成的包裝紙盒重量僅為同容積玻璃瓶的8%，不僅成本較低，而且產生的廢物較少，有利于環境保護。
2)設計磚形紙盒
市場上常見的磚形無菌包裝紙盒容量為250ml，其結構設計圖中實線表示輪廓裁切線，虛線表示內折疊壓痕線，點劃線表示外折疊壓痕線。運到包裝工廠的包裝材料卷筒直徑為0.8m，可制250ml的磚形無菌包裝紙盒約5000個。
3)裝潢設計
裝潢設計時首先要考慮商品包裝的要求，選擇合適的式樣;其次要考慮圖案、文字和色彩的正確、適當運用，遵循“科學、美觀、適用、經濟、促銷”的原則，力爭設計美觀、具有時代感、裝飾性和民族性。
同時，為了達到以上設計目標，必須采用先進的工藝技術，例如CAD(計算機輔助設計)、CAM(計算機輔助制造)，專業軟件如包裝紙盒結構設計專業軟件——Flunder-Pack。
4)印刷
紙容器的印刷可采用傳統的模擬印刷和新型的數字印刷兩大類。目前大多數仍采用模擬印刷。
在常規四大印刷方法中，平版印刷最常用，而平版中主要采用PS版。因為PS版制版簡單、快捷、版材輕而價廉，并隨著新光源、新感光材料、新型設備的應用，制版質量不斷提高。其中柔性版印刷也已廣泛用于包裝印刷。
5)復合
復合過程在整個工序是最為重要的，因為它對整個容器的包裝功能起著決定作用。例如紙容器利樂包印刷后的半成品重新放在復合過的退卷架上，經過四次淋膜，一次鋁箔(鋁箔可防紫外光，確保內裝物的質量)的粘合作用，最后在收卷部繞成卷筒狀。利樂包的四層塑料從外層、復合層、內層1、內層2分別用不同厚度的聚乙烯或改性聚乙烯樹脂為原料，經過四臺擠出機擠出成型后約1300mm寬的薄膜，與紙張、鋁箔粘合在一起。再由專業廠家經過裁切壓痕完成，最終以卷筒狀運送到包裝工廠。
2 果汁無菌包裝的滅菌處理
果汁是由不同水果制成的，它們的成分和特性各不相同。與包裝相關的主要因素是果汁的酸性、酶、維生素C、色澤和香味，果汁變質主要是由酵母和霉菌引起的。
殺菌過程通過高溫控制產品中微生物的含量。目前常用的殺菌方式有高溫短時(HTST)和超高溫瞬時(UHT)殺菌。選擇時應根據產品特性而定處理不當會造成微生物殺滅不徹底或產品失色、失香，并破壞其中的營養成分。
同時包裝前后要對操作車間的環境進行滅菌處理，并保持車間環境內的氣壓略高于外界大氣壓，以阻止外界空氣進入車間，減少細菌和污物的侵襲。
生產車間的地面、墻壁、操作臺、工具等也應定期進行殺菌消毒。同時，應適時對物料流通管道及貯存器進行全自動循環清洗。
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